Ukr.Biochem.J. 2011; Том 83, № 4, липень-серпень, c. 29-40
Енергетичні, конформаційні та електронно-топологічні властивості 2′,3′-дидегідро-2′,3′-дидезокситимідину: квантово-хімічне дослідження
А. Г. Пономарьова, Є. П. Юренко, Р. О. Жураківський
Інститут молекулярної біології та генетики НАН України, Київ;
e-mail: a.g.ponomareva@gmail.com; yevgen.yurenko@gmail.com; roman@zhr.org.ua
Вперше представлено результати повного квантово-хімічного конформаційного аналізу методом MP2/6-311++G(d,p)//DFT B3LYP/6-31++G(d,p) 2′,3′-дидегідро-2′,3′-дидезокситимідину (d4T), відомого у фармакології як ставудин. На поверхні потенційної енергії молекули виявлено 19 мінімумів, які відповідають стійким конформерам. Ідентифіковано вісім типів специфічних внутрішньомолекулярних взаємодій, що визначають конформаційну поведінку d4T: O5′H∙∙∙O2, C1′H′∙∙∙O2, C6H∙∙∙O5′, C6H∙∙∙O4′, C5′H1′∙∙∙O2, C5′H2′∙∙∙O2, C6H∙∙∙H1′C5′ і C2′∙∙∙O2. Одержані результати підтверджують існуючі уявлення про те, що біологічна активність d4T, передусім, полягає у тому, що він є термінатором синтезу полінуклеотидного ланцюга в напрямку 5′-3′, конкуруючи з канонічним dT за зв’язування з активним центром ВІЛ-1 зворотної транскриптази.
Ключові слова: 2′_3′-дидегідро-2_3′-дидезокситимідин, NBO-аналіз, біологічна активність, водневі зв’язки, конформаційний аналіз, топологічний аналіз електронної густини
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.