Ukr.Biochem.J. 2011; Том 83, № 5, вересень-жовтень, c. 48-58
Структурна гнучкість ДНК-подібних конформерів канонічних 2′-дезоксирибонуклеотидів
Т. Ю. Ніколаєнко1, Л. А. Булавін1, Д. М. Говорун1,2
1Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Україна;
2Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
е-mail: tim_mail@ukr.net
За допомогою оригінальних методик вивчено характеристики структурної гнучкості елементарних мономерних ланок ланцюгів ДНК: молекул 5′-дезоксицитидилової, 5′-тимідилової, 5′-дезоксіаденілової та 5′-дезоксигуанілової кислот в їхніх ДНК-подібних конформаціях. Знайдено величини середньоквадратичних відхилень (4°÷25° при 0 К і 7°÷50° при 298 К) усіх їхніх конформаційних параметрів від рівноважних значень, обумовлених тепловими або квантовими нульовими коливаннями ядер, а також значення релаксованих силових сталих (1÷35 ккал/моль·рад-2). Виявлено конформаційну чутливість цих величин. Доведено, що кут γ є найжорсткішим, а релаксовані силові сталі для решти конформаційних змінних менші і сумірні між собою. Одержані дані можуть бути використані для побудови структурно-динамічних моделей ДНК.
Ключові слова: 2′-дезоксирибонуклеотид, ДНК, коливальні відхилення конформаційних параметрів, релаксовані силові сталі, структурна гнучкість
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.