В. Ю. Танчук, В. О. Танін, А. І. Вовк

Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України, Київ;
e-mail: v_tanchuk@yahoo.com; vovk@bpci.kiev.ua

Конформації каталітичного центру протеїнтирозинфосфатази 1B (PTP1B) та оточуючих петель відіграють важливу роль у каталізі й інгібуванні ензиму. 98 конформацій з 88 PDB файлів, які представлено PTP1B із різними лігандами, проаналізовано з метою дослідження особливостей рухливості петлі 110-120 та її окремих залишків. Відмінності виявлено за допомогою спеціального програмного забезпечення, яке проводить багаторазове порівняння обраних частин PDB файлів. Конформації було розподілено на 6 кластерів. Виявлено, що петля, яка сформована залишками 110-120, може бути охарактеризована чотирма основними положеннями. Вона характеризується, переважно, основною конформацією і зберігає її під час руху WPD петлі. Три інші конформації є стабільними у разі закритої WPD петлі та, ймовірно, є вірогіднішими для РТР1В із субодиничною структурою.