Ukr.Biochem.J. 2015; Том 87, № 5, вересень-жовтень, c. 133-140

doi: http://dx.doi.org/10.15407/ubj87.05.133

Нові конформаційні властивості кишені зв’язування домену SH2

06.11.2015   Без категорії   No comments

В. В. Гурмач1, М. О. Платонов2, Ю. І. Прилуцький1

1Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Україна;
2Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
e-mail: gyrmach@gmail.com

Конформаційні зміни протеїнів відіграють важливу роль в їх біологічному функціонуванні, зокрема взаємодіях типу «ліганд–протеїн» і «протеїн–протеїн». Метою роботи було вивчення конформаційної рухливості найбільш репрезентативних доменів SH2. Виявлено, що кишеня зв’язування домену SH2 включає як гнучкі, так і негнучкі ділянки: найбільш негнучкою є центральна частина, а гнучкими – pTyr-зв’язуюча та гiдрофобна частини. Результати комп’ютерного аналізу демонструють нові конформаційні властивості доменів SH2, які сприятимуть майбутній розробці лікарських засобів.

Ключові слова: , ,

Посилання:

  1. Silva CM. Role of STATs as downstream signal transducers in Src family kinase-mediated tumorigenesis. Oncogene. 2004 Oct 18;23(48):8017-23. Review. PubMed, CrossRef
  2. Hurmach VV, Balinskyi OM, Platonov MO, Boyko AN, Borysko PO, Prylutskyy YuI. Design of potentially active ligands for SH2 domains by molecular modeling methods. Biopolym Cell. 2014;30(4):321-325. CrossRef
  3. Hurmach VV, Platonov MO, Boyko OM, Prylutskyy YuI. Comparative analysis of SH2 domain structures. Studia Biologica. 2015;9:5-14.
  4. Hurmach VV, Balinskyi OM, Platonov MO, Boyko OM, Prylutskyy YI. Application of the methods of molecular modeling to the search for new biologically active substances. Ukr Biochem J. 2015 Jan-Feb;87(1):109-20. Ukrainian. PubMed, CrossRef
  5. Pawson T, Gish GD, Nash P. SH2 domains, interaction modules and cellular wiring. Trends Cell Biol. 2001 Dec;11(12):504-11. Review. PubMed, CrossRef
  6. Liu BA, Jablonowski K, Raina M, Arcé M, Pawson T, Nash PD. The human and mouse complement of SH2 domain proteins-establishing the boundaries of phosphotyrosine signaling. Mol Cell. 2006 Jun 23;22(6):851-68. PubMed, CrossRef
  7. Andreichenko KS, Prylutska SV, Medynska KO, Bogutska KI, Nurishchenko NE, Prylutskyy YuI, Ritter U, Scharff P. Effect of fullerene C60 on ATPase activity and superprecipitation of skeletal muscle actomyosin. Ukr Biokhim Zhurn. 2013 Mar-Apr;85(2):20-6. PubMed, CrossRef
  8. Corbeil CR, Williams CI, Labute P. Variability in docking success rates due to dataset preparation. J Comput Aided Mol Des. 2012 Jun;26(6):775-86. PubMed, PubMedCentral, CrossRef
Creative CommonsThis work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.