Ukr.Biochem.J. 2011; Том 83, № 1, січень-лютий, c. 54-62

Конформаційне різноманіття і фізичні властивості 1,2-дидезоксирибофуранози-5-фосфату – модельної мономерної ланки ДНК

Т. Ю. Ніколаєнко1, Л. А. Булавін1, Д. М. Говорун1,2, О. О. Мисюра1

1Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Україна;
2Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
e-mail: tim_mail@ukr.net

Представлено результати повного конформаційного аналізу молекули 1,2-дидезоксирибофуранози-5-фосфату – модельної ланки остову ДНК, виконаного квантово-механічним методом функціоналу густини. На рівні теорії MP2/cc-pVTZ // DFT B3LYP/cc-pVTZ одержано 282 її конформери, відносні енергії Гіббса яких за нормальних умов лежать у межах 0÷8,9 ккал/моль. Серед них структура 7 конформерів подібна до структури хребта ДНК у AI, BI і ZII формах, із яких енергія Гіббса B-ДНК-подібного є найменшою (ΔG = 3,3 ккал/моль). Встановлено, що величини релаксованих силових сталих для конформаційних параметрів у ДНК-подібних конформерів задовольняють нерівності Kγ > Kα′ > Kε > Kβ.

Ключові слова: , , ,


Creative CommonsThis work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.