Tag Archives: лімфобласти
Співвідношення між метилуванням ДНК CpG і non-CpG у лімфоцитах людини, оцінене за допомогою кометного електрофорезу
М. Чопей, А. Півень, К. Афанасьєва, А. Сиволоб*
ННЦ «Інститут біології та медицини» Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Україна;
*e-mail: sivolob@knu.ua
Отримано: 21 квітня 2025; Виправлено: 26 травня 2025;
Затверджено: 11 червня 2025; Доступно онлайн: -07 липня 2025
Тканино-специфічне метилування ДНК відіграє важливу роль у регуляції багатьох функціональних процесів. Рівень метилування в індивідуальних клітинах може бути оцінений за допомогою кометного електрофорезу (електрофорезу ізольованих клітин) ‒ простої та дешевої техніки. Метил-чутливий кометний електрофорез широко застосовується на основі припущення, що метилування в контексті динуклеотидів CpG є єдиним типом цієї модифікації. Проте, хоча CpG є головною мішенню метилування, метилування в інших контекстах (“non-CpG”) також є поширеним явищем. У цьому дослідженні ми застосовували метил-чутливий кометний електрофорез для демонстрації того, що в лімфоцитах людини метилування non-CpG робить суттєвий внесок у загальний рівень метилування ДНК. Крім того, активація проліферації лімфоцитів приводить до підвищення такого метилування. Отже, метил-чутливий кометний електрофорез може бути використаний для оцінки співвідношення між рівнями метилування CpG і non-CpG.
Реорганізація петельних доменів ДНК у бласт-трансформованих лімфоцитах людини і лімфоїдних лейкемічних Т-клітинах лінії Jurkat
К. Афанасьєва1, В. Олефіренко1, А. Мартиняк1, Л. Лукаш2, А. Сиволоб1*
1Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Україна;
2Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
*e-mail: sivolob@univ.kiev.ua
Отримано: 06 квітня 2020; Затверджено: 25 червня 2020
Петельні домени хроматину – важливі елементи як структури хроматину на вищих рівнях його організації, так і системи регуляції транскрипції. У наших попередніх роботах показано, що деякі важливі риси петельної організації можуть бути досліджені за допомогою кінетичного підходу в електрофорезі ізольованих клітин (кометному електрофорезі). Цю техніку застосовано для оцінки петельної організації ДНК лімфоїдних клітин: лімфоцитів людини; лімфобластів, культивованих протягом 24 і 44 год; злоякісних Т-клітин лінії Jurkat. Встановлено два параметри, що варіюють залежно від функціонального стану клітин. По-перше, частка ДНК у петлях великого розміру більше ~200 тис. пар основ істотно збільшувалась у (дедиференційованих) клітинах, за проліферації порівняно з термінально диференційованими лімфоцитами. По-друге, лінійна щільність петель, розміри яких не перевищують 200 тис. пар основ, знижувалась у транскрипційно активних клітинах та підвищувалась за їх інактивації.