Tag Archives: основна протеаза
Інгібітори катепсину як потужні інгібітори основної протеази SARS-CoV-2. Молекулярний скринінг in silico та прогнозування токсичності
O. Sekiou1*, W. Kherfane2, M. Boumendjel3,
H. Cheniti4, A. Benselhoub1*, S. Bellucci5
1Environmental Research Center, Annaba Algeria;
2Laboratory of Geodynamics and Natural Resources, Department of Hydraulics,
Badji Mokhtar Annaba University, Annaba, Algeria;
3Laboratory of Biochemistry and Environmental Toxicology,
Badji Mokhtar Annaba University, Algeria;
4National High School of Technology and Engineering (ESTI), Annaba, Algeria;
5INFN Frascati National Laboratories, Rome, Italy;
*e-mail: aissabenselhoub@cre.dz; sekiouomar@yahoo.fr
Отримано: 05 березня 2022; Виправлено: 28 березня 2023;
Затверджено: 13 квітня 2023; Доступно онлайн: 27 квітня 2023
З моменту виявлення нового вірусу, ідентифікованого як коронавірус SARS-CoV-2, не було винайдено таргетних терапевтичних засобів для лікування COVID-19, отже і можливості ефективного лікування залишаються дуже обмеженими. Успішна кристалізація основної протеази SARS-CoV-2 (Mpro, PDB-ID 6LU7) сприяла проведенню досліджень у пошуку її потенційних інгібіторів для запобігання реплікації вірусу. Для проведення молекулярного докінгу було обрано десять представників родини інгібіторів катепсину як перспективних лігандів із високим потенціалом зв’язування з активним центром основної протеази SARS-CoV-2 як потенційної мішені. Результати молекулярного докінгу показали, що найефективнішими у зв’язуванні виявилися Ліганд1 та Ліганд2 із показниками vina -8,8 та -8,7 ккал/моль для Mpro, відповідно. Прогнозування in silico фізико-хімічної та токсикологічної поведінки апробованих лігандів підтвердило можливість їх використання в клінічних дослідженнях щодо SARS-COVID-19.
Особливості віруцидної активності декаметоксину: дослідження in vitro та in silico
І. В. Семенюта1*, О. П. Трохименко2, I. В. Дзюблик2, С. О. Соловйов2,3,
В. В. Трохимчук2, О. Л. Боророва4, Д. M. Година1,
М. П. Сметюх3, О. К. Яковенко5, Л. О. Метелиця1
1Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії ім. В. П. Кухаря НАН України, Київ;
2Національний університет охорони здоров’я України імені П.Л. Шупика, Київ, Україна;
3Національний технічний університет України «Київський політехнічний інститут імені Ігоря Сікорського», Київ;
4Національний інститут фтизіатрії і пульмонології ім. Ф. Г. Яновського НАМН України, Київ;
5Волинська обласна клінічна лікарня, Луцьк, Україна;
*e-mail: ivan@bpci.kiev.ua
Отримано: 09 червня 2021; Виправлено: 29 червня 2022;
Затверджено: 29 вересня 2022; Доступно онлайн: 06 жовтня 2022
Наведено дані щодо короткочасної дії декаметоксину на штам H120 вірусу інфекційного бронхіту (IBV), який використовується як безпечна для людини модель вірусу SARS-CoV-2. Вірусну активність оцінювали за допомогою інвертованого мікроскопа PrimoVert (Німеччина) за деструктивною дією на лінію фібробластів BHK21. Результати in vitro показали, що декаметоксин (100 мкг/мл) повністю інактивував штам коронавірусу IBV при експозиції 30 с і більше. Під час найнижчої експозиції декаметоксину 10 сек антисептична віруліцидна активність становила 33 і 36% від контролю через 24 і 48 год культивування відповідно. Молекулярний докінг-аналіз вказав на значну подібність структури основної протеази (Mpro) IBV та SARS-CoV-2. Докінг-дослідження взаємодії декаметоксину з активними центрами IBV Mpro та SARS-CoV-2 Mpro продемонстрували утворення ліганд-протеїнових комплексів з орієнтовною енергією зв’язування -8,6, -8,4 ккал/моль та ключовими амінокислотними залишками ASN26, GLY141, GLU187, GLU164 , THR24, THR25, ASN142, GLY143, CYS145, HIS164 і GLU166.
Визначення здатності зв’язування N-ацетилцистеїну та його похідних із основною протеазою SARS COV‑2 з використанням молекулярного докінгу і молекулярної динаміки
A. H. Shntaif*, N. A. Alrazzak, A. Bader, A. M. Almarzoqi
University of Babylon, College of Science for Women, Iraq;
*e-mail: ahmed1979sh@gmail.com
Отримано: 25 травня 2021; Затверджнено: 22 вересня 2021
N-ацетил цистеїн (NAC) використовують у клінічній практиці як антиоксидант і протизапальний засіб, а нещодавно і у лікуванні пацієнтів із COVID-19. За допомогою методів молекулярного докінгу та молекулярної динаміки порівняно взаємодію N-ацетилцистеїну і його похідних з основною протеазою SARS-COV-2 (Mpro), яка є необхідною для реплікації та транскрипції вірусу. Показано, що такі похідні N-ацетилцистеїну як бензиловий ефір NAC (NACBn), етиловий ефір NAC (NACEt) та амід NAC (NACA) можуть зв’язуватися із протеазою SARS-COV-2 краще, ніж препарат NAC.