H. A. Al-Madhagi¹*, M. G. Saleh²

¹Biochemical Technology Program, Faculty of Applied Sciences, Dhamar University, Yemen;
²Division of Microbiology, Biology Department,
Faculty of Applied Sciences, Dhamar University, Yemen;
*e-mail: bio.haitham@gmail.com

Отримано: 01 жовтня 2022; Виправлено: 07 листопада 2022;
Затверджено: 17 лютого 2023; Доступно онлайн: 17 лютого 2023

Через катастрофічні наслідки COVID-19 для населення планети необхідно постійно шукати нові способи боротьби з наявними інфекціями та щоденними смертельними випадками. Метою даного дослідження було вивчення ефективності впливу протеїнів отрути медоносної бджоли (HBV) на рецептор-зв’язувальний домен (RBD) шипоподібного протеїну за допомогою інструментів in silico. Послідовність 5 протеїнів HBV використовували для моделювання гомології за допомогою сервісу Phyre 2. Створені моделі протеїнів застосовували у протеїн-протеїновому докінгу проти глікопротеїнового рецепторного домену (RBD) Omicron Spike (PDB ID# 7T9L) із використанням платформ HDock та ClusPro, з подальшим прогнозуванням афінності зв’язування і встановленням особливостей взаємодії за допомогою веб-порталу PRODIGY та PDBsum. Виявлено, що всі досліджені протеїни HBV демонструють високий показник докінгу та профіль афінності зв’язування до RBD. За результатами досліджень протеїни HBV можуть бути застосовані як профілактичний та лікувальний засіб проти Omicron SARS-CoV-2.