Tag Archives: пептиди

Роль заряду і гідрофобних ефектів у реакціях пептидних субстратів та інгібіторів з тромбіном

О. О. Поярков, В. В. Прокопенко, С. О. Пояркова

Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України, Київ;
e-mail: alexp@bpci.kiev.ua

Проведено субстратний та інгібіторний аналіз взаємодії тромбіну із синтетичними пептидними субстратами та інгібіторами, які відрізняються гідрофобністю і обсягом бокового замісника амінокислоти, локалізованої в підцентрах субстрату Р2 та Р3. Оцінені кінетичні параметри індивідуальних стадій ензиматичного процесу (Ks, k2, k3). Показано, що швидкість стадій ацилювання та деацилювання ензиматичної реакції знижується із збільшенням гідрофобності замісника в Р2 і Р3, а спорідненість пептиду до ензиму, зростає у тому ж ряду. Для оцінки гідрофобності сполук розраховано значення LogP та проведено порівняння його значень із значеннями Ki. Порівняльний кінетичний аналіз Z-Arg-OMe та його незарядженого аналога Z-Cit-OМe показав, що за відсутності гідролізу незарядженого аналога, він інгібує гідроліз тромбіном зарядженого аналога. Ці дослідження підтверджують важливість гідрофобних залишків у структурі інгібіторів тромбіну.

Хімічна будова та властивості низькомолекулярних інгібіторів фурину

Т. В. Осадчук1, О. В. Шибирин1, В. К. Кібірєв1,2

1Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії НАН України, Київ;
2Інститут біохімії ім. О. В. Палладіна НАН України, Київ;
e-mail: osadchuk@bpci.kiev.ua

Огляд присвячено аналізу взаємозв’язку між хімічною будовою та властивостями низькомолекулярних сполук як інгібіторів фурину – найвивченішої пропротеїнконвертази, яка бере участь у розвитку таких патологічних станів, як онкологічні захворювання, вірусні та бактеріальні інфекції та ін. Розглянуто дані новітніх робіт про вплив пептидів і псевдопептидів, сполук з ароматичними або гетероциклічними кільцями, низки природних сполук: флавоноїдів, кумаринів та ін. на інактивацію ензиму. Показано, що ефективність блокування активності фурину зростає зі збільшенням кількості позитивно заряджених груп у структурі цих сполук. Встановлено, що найпотужнішими інгібіторами на сьогодні є пептидоміметики (Ki = 5–8 пM). Проте жодна із синтезованих сполук не знайшла практичного застосування. Важливою лишається проб­лема селективності інгібіторів, покращення їхньої стабільності, біодоступності та безпечності для організму людини.

Інгібування полімеризації фібрину синтетичними пептидами, які відповідають ділянкам Аα195-205 і γ69-77 молекули фібрину

Т. А. Позняк, Л. П. Урвант, П. Г. Гриценко, В. І. Чернишов,
М. О. Пидюра, Е. В. Луговськой, C. B. Комісаренко

Інститут біохімії ім. О. В. Палладіна НАН України, Київ;
e-mail: lougovskoy@yahoo.com

За використання принципу «пролінових скоб» в амінокислотній послідовності фібрину виявлено чотири ділянки та синтезовано відповідні їм пептиди: γ69NPDESSKPN77, Bβ228QPDSSVKPY236, Bβ455RPFFPQ460 та Aα195LPSRDRQHLPL205. Методами турбідиметричного аналізу та електронної мікроскопії показано, що синтетичний пептид Аα195-205 специфічно інгібує стадію формування протофібрил фібрину, а пептид γ69-77 – ста­дію латеральної асоціації протофібрил. Одержані результати дозволяють припустити, що в досліджуваних амінокислотних послідовностях фібрину розташовані сайти, які беруть участь у процесах полімеризації.