А. Г. Пономарьова¹, Є. П. Юренко¹, Р. О. Жураківський¹, Д. М. Говорун^1,2

¹Інститут молекулярної біології та генетики НАН України, Київ;
²Інститут високих технологій, Київський національний університет
імені Тараса Шевченка, Україна;
е-mail: yevgen.yurenko@gmail.com

На рівні теорії MP2/6-311++G(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) вперше проведено вичерпний конформаційний аналіз біологічно активного нуклеозиду 2′,3′-дидегідро-2′,3′-дидезоксіаденозину (d4A). Представлено основні геометричні, енергетичні та полярні характеристики 21 конформера d4A, а також основні конформаційні рівноваги за нормальних умов. Методом аналізу топології електронної густини встановлено, що молекула d4A стабілізується вісьмома типами внутрішньомолекулярних взаємодій: O5′H…N3, O5′H…C8, C8H…O5′, C2′H…N3, C5′H1…N3, C5′H2…N3 та C8H…H1/2C5′. Результати конформаційного аналізу дозволяють припустити, що біологічна активність d4A, швидше за все, полягає в тому, що він є термінатором синтезу полінуклеотидного ланцюга у напрямку 5′-3′, конкуруючи з канонічним 2′-дезоксіаденозином за зв’язування з активним центром відповідних ензимів.

Ключові слова: 2′-3′-дидегідро-2′-3′-дидезоксіаденозин, біологічна активність, водневі зв’язки, квантово-хімічні розрахунки, конформаційний аналіз