Tag Archives: біологічна активність
Ліпополісахариди Рantoea agglomerans: структура, функціональна та біологічна активність
Л. Д. Варбанець, Т. В. Булигіна, Л. А. Пасічник, Н. В. Житкевич
Інститут мікробіології і вірусології ім. Д. К. Заболотного НАН України, Київ;
e-mail: varbanets_imv@ukr.net
В огляді наведені дані літератури, а також результати власних експериментальних досліджень ліпополісахаридів (ЛПС) грамнегативних бактерій. Основну увагу автори приділяють Рantoea agglomerans, представнику родини Enterobacteriaceae. Вперше описано унікальні структури О-специфічних полісахаридних ланцюгів їхніх ліпополісахаридів, які можуть бути як розгалуженими, так і лінійними тетра- і пентасахаридними ланцюгами, що повторюються. Показана гетерогенність як самої молекули ЛПС, так і присутність в бактеріальній клітині декількох ЛПС, які відрізняються структурою ліпідів А, О-специфічних полісахаридних ланцюгів, серологічною активністю, а також ендотоксичними властивостями, зокрема токсичністю і пірогенністю. Така гетерогенність є одним із механізмів поліфункціональності ЛПС. На основі О-антигенності ЛПС вперше було проведено серотипування штамів Р. agglomerans і віднесено їх до 10 серогруп. Висока імуномодулювальна активність ЛПС Р. agglomerans дозволяє припустити використання їхніх олігосахаридних фрагментів для створення кон’югованих вакцин проти захворювань, спричинених грамнегативними бактеріями.
Енергетичні, конформаційні та електронно-топологічні властивості 2′,3′-дидегідро-2′,3′-дидезокситимідину: квантово-хімічне дослідження
А. Г. Пономарьова, Є. П. Юренко, Р. О. Жураківський
Інститут молекулярної біології та генетики НАН України, Київ;
e-mail: a.g.ponomareva@gmail.com; yevgen.yurenko@gmail.com; roman@zhr.org.ua
Вперше представлено результати повного квантово-хімічного конформаційного аналізу методом MP2/6-311++G(d,p)//DFT B3LYP/6-31++G(d,p) 2′,3′-дидегідро-2′,3′-дидезокситимідину (d4T), відомого у фармакології як ставудин. На поверхні потенційної енергії молекули виявлено 19 мінімумів, які відповідають стійким конформерам. Ідентифіковано вісім типів специфічних внутрішньомолекулярних взаємодій, що визначають конформаційну поведінку d4T: O5′H∙∙∙O2, C1′H′∙∙∙O2, C6H∙∙∙O5′, C6H∙∙∙O4′, C5′H1′∙∙∙O2, C5′H2′∙∙∙O2, C6H∙∙∙H1′C5′ і C2′∙∙∙O2. Одержані результати підтверджують існуючі уявлення про те, що біологічна активність d4T, передусім, полягає у тому, що він є термінатором синтезу полінуклеотидного ланцюга в напрямку 5′-3′, конкуруючи з канонічним dT за зв’язування з активним центром ВІЛ-1 зворотної транскриптази.
Валідація методики визначення біологічної активності рекомбінантного інтерлейкіну-7 людини
Т. М. Луценко1,2, М. В. Коваленко3, О. Ю. Галкін2
1ТОВ Універсальне агентство «Про-фарма», Київ;
2Національний технічний університет України «Київський
політехнічний інститут імені Ігоря Сікорського»;
3Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
e-mail: tanywalytsenko@gmail.com
Розроблено та проведено процедуру валідації методики контролю біологічної активності рекомбінантного інтерлейкіну-7 людини згідно з вимогами національних та міжнародних рекомендацій. Розроблена методика базується на здатності рекомбінантного інтерлейкіну-7 людини спричинювати проліферацію Т-лімфоцитів. Показано, що для контролю біологічної активності рекомбінантного інтерлейкіну-7 людини можливе використання мононуклеарних клітин периферичної крові (МКПК) людини, які отримують із донорської крові або перевиваємих клітинних ліній. Валідаційні характеристики, які необхідно визначати, залежать від методу, типу продукції чи об’єкту випробування/вимірювання, а також від біологічних тест-систем, що застосовують під час дослідження. Процедура валідації методики контролю біологічної активності інтерлейкіну-7 на мононуклеарних клітинах периферичної крові людини показала задовільні результати за всіма параметрами тестування, таких як специфічність, правильність, прецизійність та лінійність.
Конформаційна ємність 2′,3′-дидегідро-2′,3′-дидезоксіаденозину як ключ до розуміння його біологічної активності: результати квантово-хімічного моделювання
А. Г. Пономарьова1, Є. П. Юренко1, Р. О. Жураківський1, Д. М. Говорун1,2
1Інститут молекулярної біології та генетики НАН України, Київ;
2Інститут високих технологій, Київський національний університет
імені Тараса Шевченка, Україна;
е-mail: yevgen.yurenko@gmail.com
На рівні теорії MP2/6-311++G(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) вперше проведено вичерпний конформаційний аналіз біологічно активного нуклеозиду 2′,3′-дидегідро-2′,3′-дидезоксіаденозину (d4A). Представлено основні геометричні, енергетичні та полярні характеристики 21 конформера d4A, а також основні конформаційні рівноваги за нормальних умов. Методом аналізу топології електронної густини встановлено, що молекула d4A стабілізується вісьмома типами внутрішньомолекулярних взаємодій: O5′H…N3, O5′H…C8, C8H…O5′, C2′H…N3, C5′H1…N3, C5′H2…N3 та C8H…H1/2C5′. Результати конформаційного аналізу дозволяють припустити, що біологічна активність d4A, швидше за все, полягає в тому, що він є термінатором синтезу полінуклеотидного ланцюга у напрямку 5′-3′, конкуруючи з канонічним 2′-дезоксіаденозином за зв’язування з активним центром відповідних ензимів.
Повне конформаційне сімейство 2′,3′-дидегідро-2′,3′-дидезоксигуанозину: квантово-хімічне та електронно-топологічне дослідження
А. Г. Пономарьова1, Є. П. Юренко1,2,3,
Р. О. Жураківський1,2, Д. М. Говорун1,2,3
1Інститут молекулярної біології та генетики НАН України, Київ;
e-mail: yevgen.yurenko@gmail.com;
2Науковий та освітній центр «Державна ключова лабораторія молекулярної
та клітинної біології», Київ, Україна;
3Київський національний університет імені Тараса Шевченка,
Інститут високих технологій, Україна;
e-mail: dhovorun@imbg.org.ua
Вперше на рівні теорії MP2/6-311++G(d,p)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) проведено повний конформаційний аналіз 2′,3′-дидегідро-2′,3′-дидезоксиагуанозину (d4G), біологічно активного нуклеозиду – інгібітора ВІЛ-зворотної транскриптази (ЗТ). Представлено основні геометричні, енергетичні та полярні характеристики знайдених 20 конформерів, а також основні конформаційні рівноваги за нормальних умов. Встановлено, що d4G стабілізується дев’ятьма типами внутрішньомолекулярних специфічних зв’язків: O5′H…N3, O5′H…C8, C8H…O5′, C2′H…N3, C5′H1…N3, C5′H2…N3, C8H…H1′C5′, C8H…H2′C5′ та N2H1…O5′. Одержані результати підтверджують, що біологічна активність d4G пов’язана з термінацією синтезу полінуклеотидного ланцюга у напрямку 5′-3′ шляхом конкуренції з канонічним 2′-дезоксигуанозином за зв’язування із активним центром ензиму.