Л. Г. Пальчиковська, О. В. Васильченко, М. О. Платонов, В. Г. Костіна,
Н. А. Лисенко, І. В. Алексєєва, Д. М. Говорун, А. Д. Швед

Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
e-mail: L.Palchykovska@imbg.org.ua

Розроблено зручний метод синтезу і одержано дві серії N-ариламідів 9-метил- та 9-метоксифеназин-1-карбонових кислот. На моделі каталітичної кишені транскрипційного комплексу РНК-полімерази бактеріофага Т7 (РНКП Т7) методом молекулярного докінгу показано спосіб взаємодії синтезованих сполук із мішенню (рецептором). Визначено ключові міжмолекулярні зв’язки ліганд–рецептор. Вони реалізуються за рахунок різних типів нековалентних взаємодій з низкою консервативних амінокислотних залишків, що беруть участь у впізнаванні вхідного нуклеотиду, каталітичному акті синтезу РНК, а також у стабілізації РНК:ДНК гібриду на ранніх стадіях транскрипції. In silico одержані дані свідчать про достатню афінність лігандів до рецептора і дозволяють спрогнозувати їхню здатність інгібувати функціонування транскрипційного комплексу РНКП Т7, що узгоджується з попередніми експериментальними результатами. Первинне тестування в модельній транскрипційній системі РНКП Т7 демонструє достовірне пригнічення синтезу РНК in vitro досліджуваними сполуками у концентрації 25 мкг/мл (~80 мкМ).

Ключові слова: N-ариламіди 9-метил- та 9-метоксифеназин-1-карбонових кислот, молекулярний докінг, рецептор, РНК-полімераза Т7