Tag Archives: SARS-COV-2

Особливості віруцидної активності декаметоксину: дослідження in vitro та in silico

І. В. Семенюта1*, О. П. Трохименко2, I. В. Дзюблик2, С. О. Соловйов2,3,
В. В. Трохимчук2, О. Л. Боророва4, Д. M. Година1,
М. П. Сметюх3, О. К. Яковенко5, Л. О. Метелиця1

1Інститут біоорганічної хімії та нафтохімії ім. В. П. Кухаря НАН України, Київ;
2Національний університет охорони здоров’я України імені П.Л. Шупика, Київ, Україна;
3Національний технічний університет України «Київський політехнічний інститут імені Ігоря Сікорського», Київ;
4Національний інститут фтизіатрії і пульмонології ім. Ф. Г. Яновського НАМН України, Київ;
5Волинська обласна клінічна лікарня, Луцьк, Україна;
*e-mail: ivan@bpci.kiev.ua

Отримано: 09 червня 2021; Виправлено: 29 червня 2022;
Затверджено: 29 вересня 2022; Доступно онлайн: 06 жовтня 2022

Наведено дані щодо короткочасної дії декаметоксину на штам H120 вірусу інфекційного бронхіту (IBV), який використовується як безпечна для людини модель вірусу SARS-CoV-2. Вірусну активність оцінювали за допомогою інвертованого мікроскопа PrimoVert (Німеччина) за деструктивною дією на лінію фібробластів BHK21. Результати in vitro показали, що декаметоксин (100 мкг/мл) повністю інактивував штам коронавірусу IBV при експозиції 30 с і більше. Під час найнижчої експозиції декаметоксину 10 сек антисептична віруліцидна активність становила 33 і 36% від контролю через 24 і 48 год культивування відповідно. Молекулярний докінг-аналіз вказав на значну подібність структури основної протеази (Mpro) IBV та SARS-CoV-2. Докінг-дослідження взаємодії декаметоксину з активними центрами IBV Mpro та SARS-CoV-2 Mpro продемонстрували утворення ліганд-протеїнових комплексів з орієнтовною енергією зв’язування -8,6, -8,4 ккал/моль та ключовими амінокислотними залишками ASN26, GLY141, GLU187, GLU164 , THR24, THR25, ASN142, GLY143, CYS145, HIS164 і GLU166.

Одержання рекомбінантних протеїнів коронавірусу SARS-COV-2 та злитого кон’югату із дифтерійним токсоїдом CRM197

О. І. Криніна1, С. І. Романюк1, О. Б. Горбатюк1,2, О. Г. Корчинський1,3,4,
А. В. Ребрієв1, Я. С. Кулик1, Є. О. Козадаєва1, А. А. Сіромолот1,5,
М. М. Гузик1, Д. В. Колибо1*, С. В. Комісаренко1

1Інститут біохімії ім. О. В. Палладіна НАН України, Київ;
2ДУ «Інститут генетичної та регенеративної медицини НАМН України», Київ;
3Центр інноваційних біомедичних досліджень і медичний факультет Жешувського університету, Жешув, Польща;
4Національний університет ветеринарної медицини та біотехнологій ім. С. З. Гжицького, Львів, Україна;
5ННЦ «Інститут біології та медицини», Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Україна;
*e-mail: kolibo@biochem.kiev.ua

Отримано: 10 жовтня 2021; Затверджено: 12 листопада 2021

Швидке поширення у світі пандемії COVID-19, спричиненої коронавірусом SARS-CoV-2, виявило нагальну потребу у розробці захисних вакцин для боротьби з цим захворюванням. Тому створення ефективних продуцентів рекомбінантних протеїнів коронавірусу SARS-CoV-2 стало актуальним завданням, вирішення якого сприятиме вивченню функціональних властивостей SARS-CoV-2, а також появі в Україні вакцини власного виробництва проти COVID-19, що має важливе стратегічне значення для боротьби з пандемією. Метою роботи було створити прокаріотичні та евкаріотичні продуценти рекомбінантних протеїнів коронавірусу SARS-CoV-2 і виділити протеїн нуклеокапсиду (N), рецепторзв’язувальний домен (RBD) протеїну «шипа» (S) і злитий кон’югат RBD-домену із носієм – дифтерійним токсоїдом CRM197. Для цього за допомогою методів молекулярної біології та генної інженерії створено відповідні генетичні конструкції, зокрема нездатні до самостійної реплікації аденовірусні вектори на основі AdvC5, що експресують протеїни SARS-CoV-2 і злитий кон’югат. Правильність будови конструкцій підтверджено результатами рестрикційного аналізу та/або секвенування ДНК. Рекомбінантні протеїни було виділено за допомогою металоафінної хроматографії, відповідність їх властивостей підтверджено результатами електрофорезу в поліакриламідному гелі, вестерн-блотингу, імуноензимного аналізу та MALDI-TOF мас-спектрометрії. У результаті було створено продуценти рекомбінантних протеїнів коронавірусу SARS-CoV-2 та злитого кон’югату на основі бактеріального штаму E. coli Rosetta (DE3) та клітинної лінії НЕК293, а також виділено у чистому вигляді протеїн N, RBD-домен протеїну S і злитий протеїн RBD-CRM197. Одержані рекомбінантні протеїни можуть бути використані для вивчення імуногенних і антигенних властивостей протеїнів коронавірусу SARS-CoV-2, а створені продуценти цих протеїнів здатні забезпечити дешевий і безпечний синтез антигенних субстанцій для розробки та виробництва вітчизняних імунодіагностикумів і вакцин проти COVID-19.

Визначення здатності зв’язування N-ацетилцистеїну та його похідних із основною протеазою SARS COV‑2 з використанням молекулярного докінгу і молекулярної динаміки

A. H. Shntaif*, N. A. Alrazzak, A. Bader, A. M. Almarzoqi

University of Babylon, College of Science for Women, Iraq;
*e-mail: ahmed1979sh@gmail.com

Отримано: 25 травня 2021; Затверджнено: 22 вересня 2021

N-ацетил цистеїн (NAC) використовують у клінічній практиці як антиоксидант і протизапальний засіб, а нещодавно і у лікуванні пацієнтів із COVID-19. За допомогою методів молекулярного докінгу та молекулярної динаміки порівняно взаємодію N-ацетилцистеїну і його похідних з основною протеазою SARS-COV-2 (Mpro), яка є необхідною для реплікації та транскрипції вірусу. Показано, що такі похідні N-ацетилцистеїну як бензиловий ефір NAC (NACBn), етиловий ефір NAC (NACEt) та амід NAC (NACA) можуть зв’язуватися із протеазою SARS-COV-2 краще, ніж препарат NAC.