Ukr.Biochem.J. 2014; Том 86, №2, березень-квітень, c. 101-106

doi: http://dx.doi.org/10.15407/ubj86.02.101

Ідентифікація малих РНК у поліедрах віруса ядерного поліедрозу Bombyx mori

09.06.2015   Uncategorized   No comments

Т. В. Ширина, Г. В. Геращенко, М. Т. Бобровська, В. І. Кашуба

Інститут молекулярної біології та генетики НАН України, Київ;
e-mail: t.v.shirina@inbox.ru

Біоінформативними методами показано, що ділянки геному вірусу ядерного поліедрозу Bombyx mori кодують дві малі РНК – snc RNA 1 та snc RNA-2, які можуть виконувати структурну функцію під час формування кристалів поліедрів. Метою роботи є встановлення нуклеотидної послідовності малих некодуючих РНК, які були передбачені біоінформативними методами, з поліедрів B. mori. У роботі використано полімеразну ланцюгову реакцію (ПЛР), електрофорез в агарозному гелі, клонування продуктів ПЛР, секвенування.
Встановлено, що нуклеотидні послі­довності snc RNA-1 та snc RNA-2, які комплементарні ділянкам мРНК поліедрів, включаються в поліедри B. mori. Ці РНК 100% но ідентичні послідовностям, передбаченим нами біоінформативними методами. Одержані резуль­тати підтверджують запропонований нами біоінформативний підхід до пошуку малих РНК, які закодовані у геномі B. mori.

Ключові слова: , , , ,

Посилання:

  1. Kozlov EA, Soguliaeva VM, Levitina TL, Vereshchak V, Serebriany SV. Purification of the polyhedral protein of nuclear polyhedrosis virus of mulberry silkworm and association of the protein in solution. Biokhimiia. 1969 Jul-Aug;34(4):679-85. Russian. PubMed
  2. Tarasevich LM. Insect viruses. Ed. Ya. I. Rautenshteyn. M.: Nauka, 1975. 135 p.
  3. Kok IP, Skuratovskaya IN, Strokovskaya LI. Molecular basis of baculovirus reproduction. Ed. S. M. Gershenzon. K.: Nauk. dumka, 1980. 174 p.
  4. Shapiro M, Ignoffo CM. Amino acid and nucleic acid analyses of inclusion bodies of the cotton bollworm, Heliothis zea, nucleopolyhedrosis virus. J Invertebr Pathol. 1971 Jul;18(1):154-5. PubMed, CrossRef
  5. Padhi SB, Chase T Jr. Сhemical characterization studies of the nuclear polyhedrosis virus of Porthetria dispar. J Invertebr Pathol. 1976. Jul;28(1):137–142. CrossRef
  6. Ruvkun G. Molecular biology. Glimpses of a tiny RNA world. Science. 2001 Oct 26;294(5543):797-9. PubMed, CrossRef
  7. Shirina TV,  Bobrovskaja MT,  Kozlov EA. Small rnas in Bombyx mori nuclear polyhedrosis virus polyhedra form complexes with polypeptide p14 and polyhedrin. Ukr Biokhim Zhurn. 2010 Nov-Dec;82(6):87-92.PubMed
  8. Shirina TV,  Bobrovskaja MT,  Kozlov EA. The search of miRNA genes in Bombyx mori nuclear polyhedrosis virus genomes regions complementary to the latest genes. Ukr Biokhim Zhurn. 2011 Sep-Oct;83(5):59-66. Russian. PubMed
  9. Shirina TV,  Bobrovskaja MT,  Kozlov EA. RNP-complex stoichiometry of Bombyx mori nuclear polyhedrosis virus polyhedra. Ukr Biokhim Zhurn. 2012 Jan-Feb;84(1):60-6. Russian. PubMed
  10. Shirina TV,  Bobrovskaja MT,  Kozlov EA. The search of microRNA genes encoded in antiparallel chains of Autographa californica nuclear polyhedrosis virus genome regions, including most late and complementary genes. Ukr Biokhim Zhurn. 2011 Jul-Sep;83(4):41-9. Russian. PubMed
  11. Harrap KA. The structure of nuclear polyhedrosis viruses. I. The inclusion body. Virology. 1972 Oct;50(1):114-23. PubMed
Creative CommonsThis work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.