Tag Archives: вірус ядерного поліедрозу
Пошук генів мiкроРНК на ділянках геному вiрусу ядерного полiедрозу Bombyx mori комплементарних найпізнішим генам
Т. В. Ширина, М. Т. Бобровська, Е. А. Козлов
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
e-mail: e.a.kozlov@imbg.org.ua
Проведено пошук генів мікроРНК у ділянках генома вірусу ядерного поліедроза Bombyx mori, комплементарних найпізнішим генам. Розроблено алгоритм пошуку in silico мікроРНК в окремо взятих ділянках генома бакуловирусів. Показано, що ген orf4 віруса ядерного поліедроза Bombyx mori, комплементарний гену ph, кодує потенційну мікроРНК. Ген р74, комплементарний гену р10, кодує зрілу мікроРНК і потенційну мікроРНК. Ген orf1629 кодує дві малі некодуючі РНК, які комплементарні ділянкам мРНК поліедрина в 5′-кінці orf. На підставі одержаних результатів передбачається, що малі некодуючі РНК, які комплементарні ділянкам мРНК поліедрина, включаються в поліедри.
Пошук генів мікроРНК в антипаралельних ланцюгах ділянок геному вірусу ядерного поліедрозу Аutographa californica, що включають найпізніші та комплементарні гени
Т. В. Ширина, М. Т. Бобровська, Е. А. Козлов
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
е-mail: e.a.kozlov@imbg.org.ua
Біоінформативним методом шляхом аналізу вторинної структури альтернативних транскриптів показано, що ген ph вірусу ядерного поліедрозу Аutographa californica кодує дві зрілі мікроРНК і три потенційні мікроРНК. Комплементарний до гену ph ген orf1629 не кодує ні зрілі мікроРНК, ні потенційні мікроРНК. Ген р10 кодує зрілу мікроРНК і потенційну. Локалізований на комплементарному ланцюзі ген р74 кодує три зрілих мікроРНК.
Стехіометрія РНП-комплексу поліедрів вірусу ядерного поліедрозу тутового шовкопряда Bombyx mori
Т. В. Ширина, М. Т. Бобровська, Е. А. Козлов
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
e-mail: e.a.kozlov@imbg.org.ua
Методом гель-фільтрації на колонці Sephacryl S-300 показано, що присутній в поліедрах вірусу ядерного поліедрозу Bombyx mori комплекс РНП А має молекулярну масу (Мм) близько 700 кДа. Показано, що РНП А з Мм 788 кДа складається з двох 13S-асоціатів поліедрину з Мм 342 кДа, двох поліпептидів р14 з Мм 14 кДа, двох малих некодуючих РНК з Мм 21 кДа та двох малих некодуючих РНК з Мм 17 кДа. Запропоновано модель утворення комплексу РНП А зі складових його компонентів. Обговорюється роль комплексу в формуванні поліедра та його можлива роль у процесі інфекції.
Ідентифікація малих РНК у поліедрах віруса ядерного поліедрозу Bombyx mori
Т. В. Ширина, Г. В. Геращенко, М. Т. Бобровська, В. І. Кашуба
Інститут молекулярної біології та генетики НАН України, Київ;
e-mail: t.v.shirina@inbox.ru
Біоінформативними методами показано, що ділянки геному вірусу ядерного поліедрозу Bombyx mori кодують дві малі РНК – snc RNA 1 та snc RNA-2, які можуть виконувати структурну функцію під час формування кристалів поліедрів. Метою роботи є встановлення нуклеотидної послідовності малих некодуючих РНК, які були передбачені біоінформативними методами, з поліедрів B. mori. У роботі використано полімеразну ланцюгову реакцію (ПЛР), електрофорез в агарозному гелі, клонування продуктів ПЛР, секвенування.
Встановлено, що нуклеотидні послідовності snc RNA-1 та snc RNA-2, які комплементарні ділянкам мРНК поліедрів, включаються в поліедри B. mori. Ці РНК 100% но ідентичні послідовностям, передбаченим нами біоінформативними методами. Одержані результати підтверджують запропонований нами біоінформативний підхід до пошуку малих РНК, які закодовані у геномі B. mori.