К. С. Афанасьєва, В. В. Олефіренко, А. В. Сиволоб

ННЦ «Інститут біології та медицини», Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Україна;
e-mail: aphon@ukr.net

Кометний електрофорез виправдав себе не лише як метод детекції пошкоджень ДНК на рівні окремих клітин, але і як метод для дослідження просторової організації петельних доменів ДНК у нуклеоїдах. Зазвичай такі нуклеоїди одержують шляхом лізису клітин у високосольовому буфері (2,5 M NaCl) із детергентом: ці умови забезпечують видалення клітинних мембран та більшості хроматинових протеїнів, зберігаючи інтактними надспіралізовані петельні домени ДНК. У цій роботі ми здійснили кометний електрофорез нуклеоїдів, одержаних за низької концентрації солі (1 M NaCl). Такі нуклеоїди зберігають більшу частину гістонів і відповідно містять петлі значно більшою мірою схожі на нативні петлі хроматину. Показано, що, не дивлячись на кількісні відмінності, найбільш загальні властивості кінетики виходу ДНК із нуклеоїдів двох типів є подібними. Таким чином, петельні домени ДНК у нуклеоїдах, одержаних шляхом лізису клітин за високої іонної сили, можуть бути вдалою моделлю для дослідження просторової організації ДНК у хроматині.