Ukr.Biochem.J. 2018; Том 90, № 5, вересень-жовтень, c. 43-49

doi: https://doi.org/10.15407/ubj90.05.043

Після лізису клітин петельні домени ДНК зберігають організацію хроматинових петель інтактних ядер

К. С. Афанасьєва, В. В. Олефіренко, А. В. Сиволоб

ННЦ «Інститут біології та медицини», Київський національний університет імені Тараса Шевченка, Україна;
e-mail: aphon@ukr.net

Кометний електрофорез виправдав себе не лише як метод детекції пошкоджень ДНК на рівні окремих клітин, але і як метод для дослідження просторової організації петельних доменів ДНК у нуклеоїдах. Зазвичай такі нуклеоїди одержують шляхом лізису клітин у високосольовому буфері (2,5 M NaCl) із детергентом: ці умови забезпечують видалення клітинних мембран та більшості хроматинових протеїнів, зберігаючи інтактними надспіралізовані петельні домени ДНК. У цій роботі ми здійснили кометний електрофорез нуклеоїдів, одержаних за низької концентрації солі (1 M NaCl). Такі нуклеоїди зберігають більшу частину гістонів і відповідно містять петлі значно більшою мірою схожі на нативні петлі хроматину. Показано, що, не дивлячись на кількісні відмінності, найбільш загальні властивості кінетики виходу ДНК із нуклеоїдів двох типів є подібними. Таким чином, петельні домени ДНК у нуклеоїдах, одержаних шляхом лізису клітин за високої іонної сили, можуть бути вдалою моделлю для дослідження просторової організації ДНК у хроматині.

Ключові слова: , , ,


Посилання:

  1. Dekker J, Rippe K, Dekker M, Kleckner N. Capturing chromosome conformation. Science. 2002 Feb 15;295(5558):1306-11. PubMed, CrossRef
  2. Dekker J, Marti-Renom MA, Mirny LA. Exploring the three-dimensional organization of genomes: interpreting chromatin interaction data. Nat Rev Genet. 2013 Jun;14(6):390-403.  PubMed, PubMedCentral, CrossRef
  3. Rao SS, Huntley MH, Durand NC, Stamenova EK, Bochkov ID, Robinson JT, Sanborn AL, Machol I, Omer AD, Lander ES, Aiden EL. A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping. Cell. 2014 Dec 18;159(7):1665-80.  PubMed, PubMedCentral, CrossRef
  4. Cook PR, Brazell IA. Supercoils in human DNA. J Cell Sci. 1975 Nov;19(2):261-79. PubMed
  5. Cook PR, Brazell IA, Jost E. Characterization of nuclear structures containing superhelical DNA. J Cell Sci. 1976 Nov;22(2):303-24. PubMed
  6. Olive PL. The comet assay. An overview of techniques. Methods Mol Biol. 2002;203:179-94.  PubMed, CrossRef
  7. Afanasieva K, Chopei M, Zazhytska M, Vikhreva M, Sivolob A. DNA loop domain organization as revealed by single-cell gel electrophoresis. Biochim Biophys Acta. 2013 Dec;1833(12):3237-3244.  PubMed, CrossRef
  8. Shaposhnikov S, El Yamani N, Collins AR. Fluorescent in situ hybridization on comets: FISH comet. Methods Mol Biol. 2015;1288:363-73. PubMed, CrossRef
  9. Afanasieva K, Chopei M, Sivolob A. Single nucleus versus single-cell gel electrophoresis: kinetics of DNA track formation. Electrophoresis. 2015 Apr;36(7-8):973-7. PubMed, CrossRef
  10. Afanasieva K, Chopei M, Lozovik A, Semenova A, Lukash L, Sivolob A. DNA loop domain organization in nucleoids from cells of different types. Biochem Biophys Res Commun. 2017 Jan 29;483(1):142-146.  PubMed, CrossRef
  11. Eickbush TH, Moudrianakis EN. The histone core complex: an octamer assembled by two sets of protein-protein interactions. Biochemistry. 1978 Nov 14;17(23):4955-64. PubMed, CrossRef
  12. Khrapunov SN, Dragan AI, Sivolob AV, Zagariya AM. Mechanisms of stabilizing nucleosome structure. Study of dissociation of histone octamer from DNA. Biochim Biophys Acta. 1997 Mar 20;1351(1-2):213-22. PubMed, CrossRef
  13. Afanasieva K, Zazhytska M, Sivolob A. Kinetics of comet formation in single-cell gel electrophoresis: loops and fragments. Electrophoresis. 2010 Jan;31(3):512-9. PubMed, CrossRef
  14. Møller P. The alkaline comet assay: towards validation in biomonitoring of DNA damaging exposures. Basic Clin Pharmacol Toxicol. 2006 Apr;98(4):336-45. PubMed, CrossRef
  15. Zazhytska MO, Afanasieva KS, Chopei MI, Vikhreva MA, Sivolob AV. Influence of chloroquine on kinetics of single-cell gel electrophoresis. Biopolym Cell. 2012;28(4):291-297.  CrossRef

Creative CommonsThis work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.