Tag Archives: сайти зв’язування
Ідентифікація ділянки зв’язування крингла 5 плазміногену в α-ланцюзі D-регіона фібрин(оген)у
Л. Г. Капустяненко, Т. В. Гриненко, А. В. Ребрієв,
О. І. Юсова, А. О. Тихомиров
Інcтитут біохімії ім. О. В. Палладіна НАН України, Київ;
e-mail: kapustyanenko@biochem.kiev.ua
Отримано: 17 травня 2020; Затверджено: 30 червня 2020
Взаємодія Glu-плазміногену з фібрином, опосередкована п’ятим кринглом молекули зимогену, є тригером його активації та ініціації фібринолізу, однак, сайт зв’язування крингла 5 на фібрині залишається невизначеним. Метою роботи було ідентифікувати ділянку в D-фрагменті молекули фібрин(оген)у, що містить сайт, комплементарний лізин-зв’язувальному сайту крингла 5. У роботі досліджено взаємодію крингла 5 плазміногену з поліпептидними ланцюгами D-фрагментів фібрину та бромціанових фрагментів FCB-2 та t-NDSK. Показано, що крингл 5 специфічно зв’язується з α- і γ-ланцюгами D-фрагмента та α-ланцюгом FCB-2. Одержано триптичні пептиди α-ланцюга D-фрагмента, які розділено за їх афінністю до іммобілізованого крингла 5, та мас-спектри всіх досліджуваних пептидів. Встановлено, що критичними амінокислотними залишками α-ланцюга D-фрагмента, що забезпечують взаємодію з кринглом 5, є α171Arg та/або α176Lys. Показано, що сайт зв’язування Glu-плазміногену, комплементарний лізин-зв’язувальному сайту крингла 5, міститься в межах послідовності Аα168Ala−183Lys, яка розташована у слабкоструктурованій петлі між двома суперспіральними ділянками α-ланцюга D-регіона молекули фібрин(оген)у.
Взаємодія фрагментів плазміногену K 1-3 та K 5 з різними ділянками DD-фрагмента фібрину
Т. В. Гриненко, Л. Г. Капустяненко, Т. А. Яценко, О. І. Юсова, В. М. Рибачук
Інститут біохімії ім. О. В. Палладіна НАН України, Київ;
e-mail: grinenko@biochem.kiev.ua
У молекулі фібрину специфічні сайти зв’язування плазміногену локалізовані в периферичних доменах на ділянках Аα148-160. Взаємодія плазміногену з ними ініціює процес активації зимогену з утворенням плазміну і наступний лізис фібрину. У представленій роботі досліджували зв’язування фрагментів плазміногену K 1-3 і K 5 з DD-фрагментом фібрину та їх вплив на взаємодію Glu-плазміногену з цим фрагментом. Показано, що в присутності фрагментів K 1-3 і K 5 величина зв’язування Glu-плазміногену з DD-фрагментом фібрину знижується на 50–60%. Фрагменти K 1-3 та K 5 зв’язуються з високою афінністю із DD-фрагментом фібрину, Kd дорівнює 0,02 і 0,054 мкМ відповідно. Взаємодія K 5 не залежить, тоді як K 1-3 частково залежить від наявності в α-ланцюгах DD-фрагмента С-кінцевих залишків лізину. Встановлено, що K 1-3 взаємодіє з комплексом DD-фрагмент-іммобілізований K 5, також як K 5 – з комплексом DD-фрагмент-іммобілізований K 1-3. Досліджувані фрагменти плазміногену не витісняють один одного із сайтів зв’язування, локалізованих в DD-фрагменті фібрину, але можуть конкурувати між собою за взаємодію з ними. Одержані результати свідчать про існування в DD-фрагменті фібрину різних сайтів зв’язування для кринглових фрагментів плазміногену K 1-3 та K 5, які можуть бути розташовані поблизу один одного. Обговорюється роль окремих амінокислотних залишків послідовності Аα148-160 молекули фібрину у взаємодії з фрагментами плазміногену K 1-3 та K 5.