Tag Archives: мікроРНК
Пошук генів мiкроРНК на ділянках геному вiрусу ядерного полiедрозу Bombyx mori комплементарних найпізнішим генам
Т. В. Ширина, М. Т. Бобровська, Е. А. Козлов
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
e-mail: e.a.kozlov@imbg.org.ua
Проведено пошук генів мікроРНК у ділянках генома вірусу ядерного поліедроза Bombyx mori, комплементарних найпізнішим генам. Розроблено алгоритм пошуку in silico мікроРНК в окремо взятих ділянках генома бакуловирусів. Показано, що ген orf4 віруса ядерного поліедроза Bombyx mori, комплементарний гену ph, кодує потенційну мікроРНК. Ген р74, комплементарний гену р10, кодує зрілу мікроРНК і потенційну мікроРНК. Ген orf1629 кодує дві малі некодуючі РНК, які комплементарні ділянкам мРНК поліедрина в 5′-кінці orf. На підставі одержаних результатів передбачається, що малі некодуючі РНК, які комплементарні ділянкам мРНК поліедрина, включаються в поліедри.
Пошук генів мікроРНК в антипаралельних ланцюгах ділянок геному вірусу ядерного поліедрозу Аutographa californica, що включають найпізніші та комплементарні гени
Т. В. Ширина, М. Т. Бобровська, Е. А. Козлов
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
е-mail: e.a.kozlov@imbg.org.ua
Біоінформативним методом шляхом аналізу вторинної структури альтернативних транскриптів показано, що ген ph вірусу ядерного поліедрозу Аutographa californica кодує дві зрілі мікроРНК і три потенційні мікроРНК. Комплементарний до гену ph ген orf1629 не кодує ні зрілі мікроРНК, ні потенційні мікроРНК. Ген р10 кодує зрілу мікроРНК і потенційну. Локалізований на комплементарному ланцюзі ген р74 кодує три зрілих мікроРНК.
Некодуючі РНК і епігеном: метилування ДНК de novo, алельне виключення та X-інактивація
В. А. Галицький, С. В. Комісаренко
Інститут біохімії ім. О. В. Палладіна НАН України, Київ;
e-mail: volha@biochem.kiev.ua
Некодуючі РНК є надзвичайно поширеним класом клітинних РНК. Вони беруть участь у багатьох важливих процесах у клітині – сигналінгу, посттранскрипційному сайленсингу, біосинтезі протеїну, сплайсингу, забезпеченні стабільності геному, подовженні теломер, X-інактивації. Проте сфера активності цих РНК не обмежується посттранскрипційним рівнем, а охоплює також процеси, що змінюють епігенетичну інформацію чи відповідають за її збереження.
Некодуючі РНК можуть безпосередньо зв’язуватися з мішенями у ДНК, спричинюючи їх репресію через залучення ДНК-метилтрансфераз та хроматинмодифікуючих ензимів. Ці події є молекулярним механізмом РНК-залежного метилування ДНК. Імовірно, РНК–ДНК-взаємодія є універсальним механізмом ініціації метилування ДНК de novo.
Алельне виключення також може здійснюватись за допомогою зазначеного механізму. Це явище буде мати місце у тому разі, коли некодуюча РНК, попередник якої транскрибується з одного алеля, спричинює метилування ДНК усіх інших алелів, наявних у клітині. Слід зазначити, що мікроРНК-опосередкований транскрипційний сайленсинг теж нагадує алельне виключення, оскільки і гени мікроРНК, і гени, репресія яких може бути зумовлена цими мікроРНК, містять ділянки з одними і тими самими послідовностями. Можна припустити, що РНК-залежне метилування ДНК і алельне виключення виникли в процесі еволюції з метою протидії активності мобільних генетичних елементів.
Імовірно, перешкоди на шляху реактивації дрімаючих мобільних генетичних елементів знімаються внаслідок скорочення і дерегуляції набору клітинних некодуючих РНК, і це веде до нестабільності геному, котра зумовлює старіння та канцерогенез.
У процесі X-інактивації, метилування ДНК та подальша гетерохроматинізація Х-хромосоми можуть бути спричинені прямою гібридизацією 5′-кінця довгої некодуючої РНК Xist із ДНК-мішенями у віддалених регіонах Х-хромосоми.
Довгі некодуючі РНК – «камертон» в регуляції клітинних процесів
В. В. Гордіюк
Інститут молекулярної біології і генетики НАН України, Київ;
e-mail: vasilij_gordiyuk@yahoo.com
Більшість транскриптів не є матрицею для синтезу протеїнів, вони виконують різноманітні функції, контролюючі такі клітинні процеси, як ембріогенез і диференціація, імпринтинг і інактивація Х-хромосоми, імунна відповідь та реакція на стрес. Значна частина таких РНК, довгі некодуючі РНК (lncRNA), виконує роль сигнальних молекул, навігаційних систем і платформ для зібрання складних рибонуклеїнових комплексів; бере участь в організації спеціальних клітинних доменів; зв’язує регуляторні протеїни і мікроРНК; є попередниками малих РНК. LncRNA здійснюють регуляцію транскрипції, альтернативного сплайсингу, редагування, транспорту, трансляції і деградації мРНК. У процесах ремоделювання хроматину і контролю транскрипції важливу роль відіграє просторова структура lncRNA. Огляд висвітлює різні аспекти функціонування довгих некодуючих РНК .